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本发明涉及一种用于秸秆高温堆肥的复合微生物菌剂及其制备方法。首先分别将枯草芽孢杆菌、拟康氏木霉菌、草酸青霉菌、黑曲霉菌接种至种子培养基中培养一次,然后再分别接种至液体发酵培养基中培养,得到四种不同菌液;将各个菌液按比例混合,再加入营养物质、吸附载体等,混合均匀后静置1?2天,最后喷雾干燥得到复合微生物菌剂成品。本发明提供的复合微生物菌剂用于生物肥料制备时,能够非常显著的提高生物肥料的制备效率,还具有显著改善土壤理化条件、改善植物根际生长和防病虫害、增产效果,具有较好的应用前景。