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本发明涉及微流控芯片技术领域,具体涉及一种3D微流控芯片模型、3D微流控芯片及其制备方法和应用。本发明提供的3D微流控芯片模型,包括模具2和位于模具2底部的底座1;所述底座1包括底板1?1和侧壁1?2;所述模具2包括本体2?1和设置于本体2?1下表面的若干凸起2?2;所述凸起2?2的高度大于等于所述侧壁1?2的高度。采用本发明提供的3D微流控芯片模型能够成功构建3D微流控芯片,可以用于观察土壤生物地球化学界面动态变化,能够实现多个不同样品的同时培养,能在短时间尺度和有限体积的分析物上进行元素含量、酶活性定性或定量检测。