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本发明提供一种以成年健康猪新鲜粪便为粪源,经特定低温条件三次离心制得粪菌终悬液,辅以添加高分子量化合物类保护剂脱脂奶粉和低分子量化合物类保护剂(甘油、乳糖、半乳糖、蔗糖、葡萄糖、麦芽糊精、山梨醇、侧金盏花醇、海藻糖),制得的粪菌组合物,含有丰富的芽孢杆菌、乳酸菌、乳酸杆菌、双歧杆菌、嗜热链球菌等菌种,且活菌数维持在108CFU/g以上,用于哺乳期仔猪的腹泻防治,防治效果明显,尤其是对0?14日龄仔猪(21?28日龄早期断奶法)以及0?21日龄仔猪(35日龄断奶法)的仔猪防治腹泻有更为明显的效果。本发明粪菌组合物制备方法简单,产品保质期长,克服了现有技术粪菌移植需要现用现配的缺陷,适合工业化生产。