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本发明公开了一种考虑航天器动态效应及系统偏差的X射线脉冲星导航方法,该方法使用脉冲星的脉冲相位、多普勒频率以及相位差作为导航观测量,利用航天器轨道动力学模型传播轨道,以光子到达航天器的联合概率密度函数为似然函数估计出一对分别由航天器初始位置误差和速度误差引起的相位偏移量和多普勒频率,同时以相位、多普勒频率以及相邻观测周期的相位差作为导航观测量,通过UKF更新航天器的位置和速度。联合估计相位和多普勒频率可以有效降低航天器轨道动态效应的影响;相位差观测量的引入可以有效降低脉冲星角位置误差、脉冲星距离误差及星载原子钟钟差对导航精度的影响。