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本发明公开了一种筛选氮高效小麦品种的方法,包括如下步骤:步骤1,选取若干个供试小麦品种,进行大田试验,设置2个供氮水平的施肥处理:不施氮肥处理N0、正常施氮肥处理N1;步骤2,测定N0和N1处理下供试小麦品种的根系活力、根际土壤酶活性,以及进行土壤微生物进行高通量测序;步骤3,分析步骤2中的测定数据,筛选出根系活力高、根际土壤酶活性高、根际微生物的丰富度指数高和多样性指数高的供试小麦品种,即为氮高效小麦品种。本发明筛选氮高效小麦品种的方法,筛选出的根系活力高、根际土壤酶活性高、根际微生物的丰富度指数高和多样性指数高的氮高效小麦品种,为从根际微域环境差异角度筛选氮高效小麦品种提供理论依据。