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本发明涉及一种微生物发酵菌肥的制备方法,本发明提供了一种利用球毛壳菌、解淀芽孢杆菌(BNCC223006)、爪哇正青霉、唐菖蒲伯克霍尔德菌,按照一定的比例进行复配,利用农作物秸秆或者酒糟为底物发酵制成,该微生物菌肥具有抗植物病原真菌、杀根结线虫、降解重金属和富集有益元素的功能。本发明将上述4种微生物菌体按照体积比1:1:1:1进行混合,并在此基础上通过微生物真菌降解农作物秸秆或酒糟等廉价生物质发酵制成复合微生物肥料。本发明的微生物菌肥不仅可以使菌体在土壤中存活,可以分解有机物质形成腐殖质,并释放出养分,为植物提供营养,还能够分泌出具有提高植物抗胁迫能力的次级代谢产物。