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本发明公开了一种核酸采样管自动整理装置,属于核酸检测技术领域。包括机架,机架上方设置有料斗,料斗通过框架与机架固定连接;料斗下端滑动套装有方形筒;料斗与方形筒之间连接有弹力装置;方形筒底部固定有封盖,方形筒中一向对侧壁下端开有通槽;封盖上表面固定有一对滑轨,滑轨上滑动安装有滑台;滑台穿过通槽,滑台上具有两个工位凹槽,工位凹槽中放置有储球盒;封盖下表面固定有振动电机,封盖下表面与机架之间安装有气撑杆。本发明可以将带有试管的定位球自动排列整齐,并通过盖板固定,实现采样管的自动整理;将条形码放置到试管的盖帽上,自动整理之后即可以扫码,避免了相互遮挡或位置不对的现象,提高扫码效率。