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本发明公开了一种微生物菌剂组合物及其在作物栽培中的应用,所述微生物菌剂组合物的原料包括:20?200份微生物菌剂;1?4份抗寒剂;所述微生物菌剂为胶冻样类芽孢杆菌剂、沼泽红假单胞菌剂、枯草芽孢杆菌剂、巨大芽孢杆菌剂和多粘类芽孢杆菌剂中的至少一种;所述抗寒剂为脱硫石膏、海藻粉和类胡萝卜素中的至少一种。本发明通过微生物菌剂和抗寒剂的协同作用,促进土壤和作物吸收抗寒剂,一方面改善了土壤的理化性质、成分结构,另一方面提升了作物自身的抗寒性能,能够更好地抵御低温环境,正常生长。