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本发明提供了一种木霉微生物菌剂,其包括50?70份腐熟基质、10?15份膨润土、12?16份腐殖酸、3?8份草木灰、3?8份过磷酸钙、3?6份中微量元素、1?2份复合菌种,其中,复合菌种包括40?50份枯草芽孢杆菌和50?60份哈茨木霉NJAU4742。本发明还提供了该微生物菌剂的制备方法以及该微生物菌剂的应用。该微生物菌剂连续施后,比施用其他生物菌剂为基肥处理的产量高出27%左右,比施用普通有机肥为基肥处理的高出39%左右,同时显著改善了柑橘和椪柑果实的品质。