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本发明公开一种黄酮醇3?O?半乳糖基转移酶基因及其编码蛋白和应用。该基因从杨梅果实中分离获得,所述基因为MrUGT78D2,其核苷酸序列如SEQ:NO.1所示,其编码蛋白的氨基酸序列如SEQ:NO.2所示。本发明首次克隆并验证了杨梅黄酮醇3?O?半乳糖苷合成相关的MrUGT78D2基因的功能,通过构建重组质粒,实现MrUGT78D2基因在大肠杆菌中的重组表达,提供转基因工程菌和纯化的重组蛋白。在体外,重组蛋白可以高效地将槲皮素转化成槲皮素3?O?半乳糖苷。本发明可用于生物合成大量植物黄酮醇糖苷,应用于提高植物黄酮醇含量和组分改良的基因工程中,并为实现黄酮醇糖苷类物质商品化生产提供代谢工程基础。