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本发明提出一种编码孔径光谱成像系统的光谱校正重建方法,包括以下步骤:1.采用n组均匀准单色光源对编码孔径光谱成像系统进行光谱定标;2.对该系统的编码器加载编码模板后,对探测目标进行成像,计算探测器上相对应的n组波长下编码模板的投影,得到各波长下编码器到探测器的投影矩阵;3.基于光栅线性色散模型计算探测器上各谱段的透过率分布,将编码器到探测器的投影矩阵由0/1矩阵校正为灰度矩阵,最后重建探测目标的光谱图像。本发明利用单波长下模板在探测器上的投影,对编码模板调制的探测器上各谱段透过率分布进行了校正,有效解决了编码孔径光谱成像系统的多个像素选通同一谱段导致的重建光谱数据失真、光谱图像质量低的问题。