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本发明涉及玻璃表面改性技术领域,公开了一种疏水玻璃基材及其制备方法和应用。该方法包括:(1)将玻璃基材的表面进行激光处理,以得到形成有多个柱状结构的玻璃基材I;柱状结构的高径比为1:1?3,且相邻柱状结构的间距为80μm?120μm;(2)将玻璃基材I浸泡于含有1H,1H,2H,2H?十七氟癸基三乙氧基硅烷的乙醇溶液中,得到玻璃基材II,并将玻璃基材II进行第一干燥处理;在乙醇溶液中,1H,1H,2H,2H?十七氟癸基三乙氧基硅烷的浓度为0.1?3体积%。采用本发明提供的方法制备得到的玻璃基材疏水性能增强,接触角大于150°,并且还能够实现玻璃表面的自清洁防污性能。