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本申请公开了一种制备大豆多肽组合物的方法,其包括如下步骤:蛋白酶处理步骤:采用复合蛋白酶使经灭菌的豆粕酶解3?6小时,获得豆粕酶解物,其中,所述复合蛋白酶包括碱性蛋白酶和中性蛋白酶,所述碱性蛋白酶的酶活力大于等于180000U/g,所述中性蛋白酶的酶活力大于等于80000U/g;微生物发酵步骤:采用枯草芽孢杆菌使所述豆粕酶解物发酵46?52小时,制得所述大豆多肽组合物。本申请的技术方案在降低蛋白酶用量的同时对大豆蛋白具有更强的水解能力,大豆多肽组合物中蛋白质水解率可达48.5%,制备的大豆多肽组合物稳定高,直接储存不易变质产生恶臭、胀气等,自然储存时间延长至1个月以上,可直接应用于制备多肽氨基酸肥料,降低了肥料生产成本。