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本发明提供了一种流域非点源排放量自动计算方法和系统,其中,所述方法包括流域范围自动划分、流域与行政区划自动匹配、非点源模型构建、统计年鉴数据爬取、排污系数库构建、非点源自动计算、污染源排放量结果分配等过程。所述的系统包括客户端用于确定要计算的时间和范围,并进行非点源计算结果的展现、提供查询服务;数据库包括DEM数据库、行政区空间数据库、排污系数库、模型库。其中空间分析和数据爬取模块包括流域划分子模块、行政区匹配子模块,年鉴爬取子模块。通过本发明,能形成自动化的流域非点源排放量计算方法和查询、展示系统,为非点源的核算提供支撑。