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本发明公开了一种麻疹病毒的MNP标记位点、引物组合物、试剂盒及其应用,所述MNP标记位点是指在麻疹病毒基因组上筛选的区分于其他物种且在物种内部具有多个核苷酸多态性的基因组区域,包括MNP?1~MNP?5的标记位点;所述引物如SEQIDNO.1~SEQIDNO.10所示。所述MNP标记位点能特异的鉴定麻疹病毒并精细的区分不同的亚型;所述引物互不干扰,综合多重扩增和测序技术,可一次性对多样本的所有标记位点进行序列分析,具有高通量、多靶点、高灵敏和免培养的优势,可应用于大规模样本的麻疹病毒的鉴定和遗传变异检测,对麻疹病毒的科研和监测具有重要意义。