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本发明公开了一种生物发酵富硒饲料,包括如下质量份的组分:新鲜玉米、秸秆、豆粕、麸皮和复合微生物菌剂;制备方法,包括以下步骤:步骤1:将新鲜玉米和秸秆一同放入粉碎机粉碎,长度约为2.0?2.2mm;与豆粕和麸皮按比例混合均匀后得到农作物秸秆细化料;步骤2:将复合微生物菌剂按细化料总重量的0.5?1%的比例添加并混合均匀,再调节水分使饲料中水分含量为60?70%;步骤3:将步骤2得到的发酵物料放置于密闭环境发酵25?30d,即得到生物发酵富硒饲料。本发明不仅提高了饲料发酵速率和饲料适口性,而且通过复合微生物,及其产生的抑菌物质和酸性环境的协同作用,抑制饲料中杂菌和腐败微生物的生长繁殖,提高肠道消化吸收能力,有效预防动物腹泻和肠道炎症的发生。