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本发明涉及与梨果皮红色性状连锁的位点、分子标记及其应用。位点的核苷酸序列包括位于‘中矮1号’梨参考基因组的Chr5的26527817碱基处的位点的核苷酸序列,参考基因组的GeneBank登录号:SMOL00000000。该处的碱基序列为ATAACTAGCAAAAATAAGACACGAAATGTTAAATACT或A。上述位点及基于上述位点开发的分子标记可以用于梨果皮红色/绿色性状辅助选择育种,在杂交苗的幼苗期快速淘汰绿果皮单株,节省后续杂交苗维护和鉴定评价成本,显著提高红皮梨育种效率,具有适用品种广泛、红株检出率高、错误率低、表型与带型一致率高等优点。