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本申请涉及饲料添加剂技术领域,具体公开了一种提高妊娠率的过瘤胃褪黑素组合物及其制备方法和应用,所述过瘤胃褪黑素组合物包括由内向外依次设置的芯材和外包衣层,所述芯材包括质量比为1:(2?3):(0.5?0.8)的褪黑素、玉米蛋白粉和京尼平苷酸;其制备方法包括以下步骤:芯材颗粒制备:将京尼平苷酸溶解于水中,然后加入玉米蛋白粉,在35?40℃混合搅拌后加入褪黑素,混合搅拌后制粒,干燥,得到芯材;外包衣层包被:对芯材进行包衣,得到过瘤胃褪黑素组合物。本申请还公开了过瘤胃褪黑素组合物在反刍动物添加剂中的应用。本申请具有提高褪黑素对于反刍动物妊娠率提高的效果。