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本发明属于蔬菜分子育种技术领域,涉及与苦瓜全雌性状共分离的分子标记、引物及其应用。本发明开发了1个与苦瓜全雌性状共分离CAPS分子标记,提供与苦瓜全雌性状共分离的分子标记的扩增引物,可以实现在苦瓜种子或者幼苗阶段判定苦瓜的全雌性,可以辅助苦瓜全雌性状的选择,提高苦瓜全雌系的培育效率,最终降低苦瓜杂交一代制种的成本,解决了现有技术采用常规田间转育的方法进行苦瓜全雌系的选育存在过程繁琐,耗时费力等缺点。