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本发明公开了一种用于卫星通信系统的抗干扰方法和装置,所述方法包括以下步骤:S1.接收机对基带时域阵列接收向量进行相关统计并分解,估计得到特征域变换矩阵;S2.将基带时域接收向量变换至干扰的特征域;S3.根据干扰与卫星信号的空域和特征域差异,在变换域进行干扰抑制处理,得到特征域估计值;S4.将特征域估计值反变换至时域,得到卫星信号的时域估计值。本发明针对卫星通信容易遭受不同来向外界干扰的问题,提出了一种用于卫星通信系统的抗干扰方法和装置,以提高接收机的干扰抑制能力;借助了干扰与卫星信号的空域特征域差异,不仅具有空域抗干扰的优势,还能抑制与卫星信号来向相同的窄带干扰。