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一实施方式提供一种即便在可与主机装置连接的存储器系统中输入输出端口为打开状态时也可保护信号线的存储器系统及其控制方法。实施方式的存储器系统具备非易失性存储器及存储器控制器,且可连接于主机。存储器控制器可执行从主机接收到的对存储器的命令,且具备:信号线,传送从主机发送的信号;电阻元件,电连接于信号线与被赋予存储器系统的基准电位的配线之间;开关元件,与电阻元件串联连接,可控制信号线与配线的连接;及控制电路,在信号线上有从与逻辑值“H”电平对应的第1电位向与逻辑值“L”电平对应的第2电位的变化时,或者有从第2电位向第1电位的变化时,以将信号线与配线的连接从连接状态向切断状态变更的方式控制开关元件。