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本发明属于微生物技术领域,涉及一种复合益生菌制剂及其制备方法和应用,本发明的复合益生菌制剂,包括枯草芽孢杆菌(Bacillussubtilis)、副干酪乳酸菌(Lactobacillusparacasei)、沼泽红假单胞菌(Rhodopseudomonaspalustris)和小球藻(Chlorella)。每单位复合益生菌制剂中,枯草芽孢杆菌B.subtilis、副干酪乳酸菌L.paracasei、沼泽红假单胞菌R.palustris和小球藻Chlorella之间的体积配比为4:3:1:2。上述复合益生菌制剂用于降低养殖水体中氨氮和亚硝酸盐的含量,能够促进养殖水产动物的生长,提高免疫抗病力,应用范围广泛,应用效果好。