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本发明公开了一种抑制嗜水气单胞菌的中药组合物及其应用,所述中药组合物由五倍子提取物、石榴皮有效部位、山竹壳提取物和黄芩有效部位按质量比为1?10:1?10:1?10:1?10组成。本发明通过组方及有效部位的筛选,以五倍子提取物、石榴皮有效部位、山竹壳提取物和黄芩有效部位配伍组方,经体外抑菌实验,结果表明本发明制备得到的中药组合物对不同来源的嗜水气单胞菌均具有一定的抑制活性,并经体内抗嗜水气单胞菌药效实验,结果表明,各组分协同增效,对感染嗜水气单胞菌的大口黑鲈具有很好保护作用。为预防和治疗由嗜水气单胞菌引起的水产动物疾病提供了新的药物。