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本发明属于船体建模领域,公开了一种基于直接控制自由变形的船体建模方法、系统及设备,船体建模方法包括:根据待变形船体确定一个正六面体,并将待变形船体进行局部坐标变换线性地嵌入到正六面体中;在正六面体上定义控制顶点网格,将正六面体变为三维张量积Bezier体;根据待变形船体曲面上型值点的位移,反求满足位移约束的控制点的位移量;依据位移量移动控制点,使正六面体发生形变,将形变传递给正六面体中的待变形船体,使船体发生变形。本发明公开的船体建模方法可以重构出曲面光顺的新船型,对改良、设计高性能船型具有重要的意义。