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本实用新型公开了食用菌菌种分离设备,包括振动台、分离管以及支撑杆,所述支撑杆设置于振动台上表面的一侧边,所述分离管的两侧设置有第一支耳和第二支耳,所述第一支耳通过轴承与支撑杆的顶端旋转连接,所述第二支耳上通过轴承旋转连接有摆臂,所述摆臂的一端连接有连接板,所述连接板上设置有过滤网,所述摆臂的另一端与分离管的外壁之间连接有第二气缸,所述支撑杆与分离管外壁之间也活动连接有第一气缸。该食用菌菌种分离设备,分离效果好,省时省力。