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本发明公开了一种联合经验模态分解及小波软阈值的色谱信号去噪方法,属于色谱信号去噪技术领域。针对色谱信号的非线性以及非平稳特性,本方法将采集到的色谱信号经过经验模态分解法分解后,得到所有的本征模态函数分量,选取分量总数的前1/3个高频分量,通过选取合适的小波基、分解层数、阈值规则以及阈值,将这部分高频分量进行降噪处理,再与剩余的IMF分量进行重构,得到高信噪比的色谱信号。本发明能够获得高信噪比、低均方根误差的色谱信号,可有效降低色谱信号失真度,提高去噪性能,可应用于食品、医疗、材料化工等诸多领域,以识别混合物中不同物质的准确含量,保证食品、医疗、工业生产的安全性。