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本发明属于旋转机械技术领域,提供了一种深度学习滚动轴承故障诊断方法及系统。该方法包括,获取滚动轴承故障数据;对每段滚动轴承故障数据进行拓扑数据分析,以提取拓扑特征矩阵;对每段滚动轴承故障数据进行快速傅里叶变换并求其模值,以提取频域特征矩阵;采用卷积神经网络融合拓扑特征矩阵和频域特征矩阵,得到故障特征矩阵;基于故障特征矩阵,采用故障分类网络,得到故障分类结果。本发明可以提取到互补的故障特征并可以提高模型诊断精度,并且在强噪声背景下模型具有更强的鲁棒性。